מוצרים

לאחרונה דיווחנו כי נוקלאוטיד פירן מוכנס באופן מועדף מול אתר אבאסי, ה-3'-T של דימר תימין, ורוב הבסיסים הבלתי פגומים על ידי שמרים DNA פולימראז אטה (pol eta).מכיוון שפירן היא מולקולה לא קוטבית ללא יכולת קישור H, היעילות הגבוהה בצורה יוצאת דופן של החדרת dPMP מיוחסת ליכולת הערימה הבסיסית המעולה שלה, ומדגישה את החשיבות של ערימת בסיסים בבחירת נוקלאוטידים על ידי pol eta.כדי לחקור את התפקיד של קשרי H וגיאומטריית זוג בסיסים בבחירת נוקלאוטידים על ידי פול אטה, קבענו את יעילות ההחדרה של הנוקלאוטידים שעברו שינוי בבסיס 2,6-דימינופורין, 2-אמינופורין, 6-כלורופורין ואינוזין. צור מספר שונה של קשרי H עם בסיס התבנית בהתאם לגיאומטריית זוג הבסיסים.נראה כי זיווג בסיסים ווטסון-קריק ממלא תפקיד חשוב בבחירת אנלוגים לנוקלאוטידים להחדרה מול C ו-T, כפי שמעידה הירידה ביעילות ההחדרה היחסית עם ירידה במספר קשרי H של ווטסון-קריק ועלייה ב מספר האינטראקציות של תורם-תורם ומקבל-מקבל.הסלקטיביות של החדרת נוקלאוטידים גדולה יותר מול 5'-T מאשר 3'-T של דימר תימין, בהתאם לעבודות קודמות שהציעו שה-5'-T מוחזק בצורה נוקשה יותר מה-3'-T.יתר על כן, נראה שהכנסת A מול שני ה-Ts של הדימר מתווכת על ידי זיווג בסיסים ווטסון-קריק ולא על ידי זיווג בסיסים של Hoogsteen המבוסס על יעילות ההחדרה הכמעט זהה של A ו-7-deaza-A, שהאחרון שבהם חסר H- יכולת הדבקה ב-N7.היעילות היחסית להחדרה של נוקלאוטידים שיכולים ליצור זוגות בסיסים של ווטסון-קריק מקבילות לאלו של מקטע קלנוב, בעוד שמקטע קלנוב מבחין בצורה חזקה יותר לחוסר התאמה, בהתאם לסלקטיביות הצורה הגדולה שלו.תוצאות אלו מדגישות את החשיבות של גיאומטריית זוג בסיסים H-bonding ו-Watson-Crick בבחירת נוקלאוטידים הן על ידי פול אטה והן על ידי מקטע קלן ow, ואת התפקיד הקטן יותר של בחירת צורה בהחדרה על ידי פול אטה בשל הפתוחה יותר והפחותה שלה. אתר פעיל מוגבל.