מוצרים

הניתוח של אירועי זרחון רחבי פרוטאום הוא עדיין אתגר אנליטי גדול בגלל המורכבות העצומה של רשתות זרחון חלבונים.בעבודה זו, אנו מעריכים את ההשלמה של Lys-N, Lys-C וטריפסין ביחס ליכולתם לתרום לניתוח העולמי של הפוספופרוטום.גרסה מעודנת של חילופי קטונים חזקים ב-pH נמוך שימשה להפרדה יעילה של פפטידים עם אצטילציה N-טרמינלית, מזורחת ולא שונה.ניתן לזהות בסך הכל 5036 פוספופפטידים לא מיותרים עם שיעור גילוי שגוי של <1% מ-1 מ"ג חלבון באמצעות שילוב של שלושת האנזימים.הנתונים שלנו גילו שהחפיפה בין מערכי הנתונים של הפוספופפטיד שנוצרו עם פרוטאזות שונות הייתה שולית, בעוד שהחפיפה בין שני מערכי נתונים טריפטיים שנוצרו באופן דומה נמצאה גבוהה לפחות פי 4.בדרך זו, השימוש המקביל ב-Lys-N ובטריפסין אפשר עלייה של 72% במספר הפוספופפטידים שזוהו בהשוואה ל-d לטריפסין בלבד, בעוד שניסוי שכפול טריפסין הוביל רק לעלייה של 25%.לפיכך, כאשר התמקדנו אך ורק בנתוני הטריפסין וה-Lys-N, זיהינו 4671 פוספופפטידים לא מיותרים.ניתוח נוסף של האתרים שזוהו הראה כי מערכי הנתונים של Lys-N והטריפסין הועשרו במוטיבים שונים של זרחון באופן משמעותי, מה שמוכיח עוד כי גישות מולטיפרוטאז בעלות ערך רב בניתוחי פוספופרוטאום.